新宿駅で発車を待つM5編成
1994年12月改正で上越線越後中里、信越本線直江津以北の運用が設定されたものの、翌1995年12月改正で115系化された。この改正では急行「赤倉」、快速「ムーンライト」（当時。後のムーンライトえちご）の間合いの普通列車運用が無くなった。
同時に赤倉用に整備されたA編成が引退し、以後「赤倉」はムーンライト用M編成で運行されるようになる。その為、週末に「ムーンライト」が増結されると車両が不足し、「赤倉」には湘南色のK編成がよく充当され、ファンを魅了しつつも一般客には煙たがられていた。
1996年3月改正で“大垣夜行”が快速「ムーンライトながら」へと車種変更（165系11両→373系9両）が実施されたのに合わせ、「ムーンライト」も「ムーンライトえちご」に改称される。後にヘッドマークが用意され、運用終了までそのスタイルが続く。
一方の急行「赤倉」は1997年9月頃から“有終の美”の意味合いからかK1編成が主に運用され、K2,3編成にも惜別ヘッドマークを付けて運行された。北陸新幹線開業に伴う横川〜軽井沢の廃止及び軽井沢〜篠ノ井間の第三セクター化によって信越本線が分断された1997年10月改正で、急行「赤倉」は485系・183系特急「みのり」3往復に格上げ・増発された。しかしその後の「みのり」は2往復へ減便され、最終的には利用低迷で廃止となった（長野〜直江津は快速「信越リレー妙高号」となったが、これも後に普通列車化される）。
一番最後まで残された定期運用の「ムーンライトえちご」も2003.05.01を以って485系K編成に置き換えとなり、JR線上から165系の定期運用は消滅した。その後、発祥の地である上越線（越後湯沢〜長岡）で臨時快速「こころ」として運行されたが、2003.09.28の営業運転を最後に本線上から完全に姿を消した。
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